В древнерусском алфавите буква Х называлась «хер». Отсюда произошло слово «похерить» в значении «перечеркнуть что-то на бумаге крестом». И лишь впоследствии это слово приобрело современное значение: «испортить», «потерять».
http://wordhist.narod.ru/poherit.html
http://wordhist.narod.ru/poherit.html